Las reacciones bajo atmósfera inerte se puede realizar a microescala de forma similar a las reacciones en miniescala. Una primera posibilidad, es realizarlas bajo una corriente de nitrógeno, cuando se disponga de un sistema centralizado de gases, o bien de una bala de gas al que se conecta un tubo de Tefón o silicona con una jeringa sin el pistón y una aguja en el extremo.
Para comprobar el flujo se deberá hacer borbotear primero el gas en un recipiente con un disolvente orgánico.
Después, se pinchará en un septum que se usa como tapón del recipiente en el que se lleva a cabo la reacción y se pinchará una segunda aguja que evita la sobrepresión. El nitrógeno desplaza al aire y mantendrá el interior del recipiente libre de oxígeno.
Otra opción, que también se usa en miniescala, es pinchar en un septum un globo lleno de nitrógeno, unido a una jeringa sin el pistón, y provista de una aguja. De esa forma se puede mantener el interior del montaje con la atmósfera inerte.
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